An der Rückwand des Chores dominiert die Orgel, welche im dunklen Naturholz einen farblichen Kontrast zum weißen Innenraum bildet. Fürstabt Martin Gebert wählte den berühmten Straßburger Johann Andreas Silbermann aus, diese für die Kirche zu bauen. Die Orgel wurde 1807 ausgebaut und in die Karlsruher Stephanskirche überführt, die 1944 durch Bomben zerstört wurde. Auf der Balustrade vor der Orgel befinden sich zwei Puttengruppen, die ehemals zur Silbermann-Orgel gehörten. 1911 bis 1913 wurde die heutige Orgel von der Werkstatt Wilhelm Schwarz & Sohn in Überlingen gefertigt. Das Orgelgehäuse im Stil der früheren Silbermann-Orgelwurde aus Eichenholz gefertigt und ist 12 m hoch, 7 m breit und 4 m tief. Das Instrument wurde nach dem Klosterbrand von 1977 von der Orgelbaufirma Klais (Bonn) instand gesetzt und erhielt einen neuen Spieltisch. Die Orgel hat heute 54 Register auf drei Manualen und Pedale.
