Unter der Apsis liegt die Krypta der Basilika. Als Gaudí die Bauleitung übernahm, hatte der Bau der Krypta schon begonnen, so dass keine größeren Planänderungen mehr möglich waren, dennoch erhöhte Gaudí das Gewölbe so weit, dass von oben Licht und Luft hineinströmen könnten.